IMPLEMENTATION OF AAC AND DC FEATURE EXTRACTION FOR CLASSIFICATION OF LYSINE PROTEIN ACETYLATION USING THE SUPPORT VECTOR MACHINE METHOD

Abstrak

Post-Translational Modification (PTM) adalah perubahan yang terjadi pada struktur kimiawi protein. Salah satu jenis PTM yaitu asetilasi yang biasa terjadi pada protein lisin dimana PTM jenis ini memainkan peran penting dalam proses biologis. Penelitian yang telah ada mengidentifikasi asetilasi lisin dengan menggunakan metode komputasi, salah satunya yaitu klasifikasi. Metode untuk klasifikasi protein telah dikembangkan, namun masih banyak yang bisa dieksplorasi kembali untuk mengidentifikasi asetilasi lisin. Klasifikasi protein dimulai dengan mengekstraksi sekuens protein menjadi fitur numerik dengan deskriptor protein yang dalam penelitian ini menggunakan Amino Acid Composition (AAC) dan Dipeptide Composition (DC). Selanjutnya, klasifikasi protein dilakukan dengan metode Support Vector Machine. Support Vector Machine adalah metode klasifikasi yang dapat digunakan untuk identifikasi protein. Penelitian ini memberikan hasil kinerja yang terbaik pada penggunaan deskriptor kombinasi AAC dan DC, yaitu sebesar 76.20%.